“绘”解读 真报告 | RNA-based NGS检出SFPQ-TFE3融合变异，辅助TFE3重排肾细胞癌诊断及预后评估

Xp11.2/TFE3重排肾细胞癌属于MiT家族易位性肾细胞癌的一种类型。其发病机制主要是染色体Xp11.2易位，形成TFE3融合基因，导致TFE3蛋白过度表达，诱发肿瘤形成。该类型肿瘤好发于儿童，约占儿童肾细胞癌的40%，成人肾细胞癌的1.6%-4%。2022年第五版WHO分类将其命名为TFE3重排肾细胞癌，归为由分子定义的肾细胞癌^[1]。

图1 2022WHO泌尿系统和男性生殖系统肿瘤分类命名TFE3重排肾细胞癌

近日，1例10岁男童患者，病理诊断为肾细胞癌化疗后改变，考虑TFE3重排肾细胞癌，建议进一步FISH检测TFE3基因。该患者送检肿瘤组织+对照血，检测我司“实体瘤272plus+RNA1560基因检测”项目。结果提示，RNA水平检出SFPQ-TFE3融合，进一步辅助临床诊断，同时也提示与ASPL-TFE3融合相比，患者的预后相对较好。

图2 TFE3重排肾细胞癌患者的病理诊断以及基因检测结果

一、RNA-based NGS检测TFE3重排，避免FISH漏检

WHO分类关于TFE3重排肾细胞癌的诊断必要标准为，免疫组化提示TFE3核表达强阳性，或者FISH断裂探针提示TFE3重排，或者RNA-seq提示TFE3基因融合变异。其理想标准为混合型组织学形态，包括透明细胞，乳头状结构以及砂砾体^[2]。

图3 2022WHO分类关于TFE3重排肾细胞癌的诊断标准

宁波市临床病理诊断中心张慧芝等人基于WHO分类汇总了TFE3重排肾细胞癌的组织学特征、免疫表型以及分子遗传学遗传，用于日常病理诊断。TFE3重排肾细胞癌最常见的形态学特征为胞质丰富的透明或嗜酸性细胞、乳头状结构和砂砾体。实际上，TFE3重排肾细胞癌形态多样，可与多种肾肿瘤相似。免疫组化标记TFE3弥漫核强阳性对诊断具有特异性，但受组织固定及实验条件的影响，也会出现假阳性或假阴性的情况。通过FISH分离探针证实TFE3基因重排是更可靠的方法，但也会出现假阴性结果，尤其是染色体臂内转位，例如NONO-TFE3、RBM10-TFE3、GRIPAP1-TFE3、RBMX-TFE3等。RNA测序证实TFE3基因融合是最特异和敏感的方法^[3]。

WHO分类指出，若肿瘤患者有其他TFE3重排肾细胞癌的典型特征，同时伴随TFE3核强阳性表达，但FISH检测结果阴性，则该诊断结果是可疑的,建议采用RNA-seq、RT-PCR等方法进行验证。

图4 分子定义的肾细胞癌的形态学、免疫表型和分子特征

南京大学医学院附属鼓楼医院周硕明等人入组了85例TFE3细胞核染色阳性的中国肾细胞癌患者，组织样本均接受TFE3分离探针FISH检测。结果提示，79例可见典型分离信号，6例TFE3分子探针检测阴性。后经NGS测序检出5例NONO-TFE3融合变异，1例RBM10-TFE3融合变异^[4]。董翔等人收集了796例肾细胞癌患者的组织样本，免疫组化检测提示，11.4%（91/796）为TFE3蛋白表达阳性。FISH检测进一步验证发现，仅有34.1%（31/91）为Xp11.2易位。其中，17例TFE3强阳性患者，FISH检测均为阳性，18例中等阳性患者，8例FISH检测为阳性，而56例弱阳性患者，仅有6例FISH检测为阳性^[5]。

图5 TFE3免疫组化和FISH检测的一致性分析

二、RNA-based NGS检测TFE3重排，更好地辅助预后评估

WHO分类指出，TFE3重排变异有多种伴侣基因，包括ASPSCR1（ASPL）、PRCC、NONO（P54NRB）、SFPQ（PSF）、RBM10、MED15、CLTC、DVL2、PARP14、KAT6A、NEAT1、MATR3、FUBP1和EWSR1等。最常见的3种伴侣为PRCC、ASPL和SFPQ。

FISH检测所用的分离探针，无法识别伴侣基因。而RNA-based NGS检测，不仅可以识别伴侣基因类型，还可以辅助预测融合蛋白类型。一项临床研究采集了19例TFE3蛋白表达阳性的患者组织样本，15例样本RNA-seq检出TFE3重排/融合阳性。其伴侣基因分别为SFPQ、NONO、ASPSCR1、RBM10、PRCC和MED15。而3例SFPQ-TFE3融合患者，又因为断点位置不同，分为2类^[6]。

图6 RNA-seq检测提示TFE3基因融合不同伴侣及其可能的融合蛋白

图7 不同融合基因检测方法学比较^[7]

上文有研究发现，融合伴侣与TFE3重排肾细胞癌患者的预后相关。85例TFE3表达阳性的患者中，52例进行RT-PCR或DNA测序，共发现8种融合伴侣，分别是ASPL-TFE3 11例，PRCC-TFE3 8例，NONO-TFE3 10例，SFPQ-TFE3 15例，CLTC-TFE3 1例，LUC7L3-TFE3 2例，MED15-TFE3 4例，RBM10-TFE3 1例。不同TFE3融合伴侣生存分析结果显示，ASPL-TFE3、PRCC-TFE3、NONO-TFE3、SFPQ-TFE3的中位PFS分别为16个月、38个月、52个月、17个月，但无统计学意义。ASPL-TFE3和非ASPL-TFE3的中位PFS分别为16个月和26个月，差异显著，提示ASPL-TFE3融合变异的患者，预后相对较差^[4]。

图8 RNA-seq可以检测融合基因类型，辅助预后评估

除了上述提到的实体瘤272plus+RNA1560基因检测外，我司实体瘤DNA1299+RNA1560基因检测，实体瘤1560基因融合RNA检测，均包括了TFE3基因的全部转录组，杂交捕获建库，可以在RNA水平上检测TFE3基因的已知和未知融合变异，辅助TFE3重排肾细胞癌临床诊断和预后评估。

图9 绘真医学TFE3融合变异NGS检测系列项目

参考文献：

[1]方三高,于永娟,王丛.WHO(2022)泌尿系统和男性生殖器官肿瘤分类[J].诊断病理学杂志, 2023, 30(4):410-416.

[2]WHO Classification of Tumours Editorial Board. WHO classification of tumours. Urinary and male genital tumours [M]. 5th ed. Lyon: IARC Press, 2022.

[3]张慧芝,赵明.第五版WHO《泌尿和男性生殖系统肿瘤分类》中分子定义的肾细胞癌[J].临床与实验病理学杂志,2024,40(04):342-347.

[4]周硕明,马文亮,董翔,等. TFE3重排型肾细胞癌的临床特征和预后影响因素[J]. 中华泌尿外科杂志,2023,44(06)：427-433.

[5]Dong, Xiang et al. “Clinicopathological features and prognosis of TFE3-positive renal cell carcinoma.” Frontiers in oncology vol. 12 1017425. 6 Oct. 2022, doi:10.3389/fonc.2022.1017425

[6]Lee, Cho-Rong et al. “Comprehensive molecular characterization of TFE3-rearranged renal cell carcinoma.” Experimental & molecular medicine vol. 56,8 (2024): 1807-1815. doi:10.1038/s12276-024-01291-2

[7]张志远,郑直,田晓怡.融合基因检测方法的最新研究进展[J].现代检验医学杂志, 2024, 39(5):205-212.