cfDNA片段组学相关资讯-临床研究进展，文献-MedSci.cn

Cell Reports Medicine：多模态<font color="red">cfDNA</font>基因<font color="red">组</font>和<font color="red">片段</font><font color="red">组</font><font color="red">学</font>模式可增强癌症生存率和复发分析

Cell Reports Medicine：多模态cfDNA基因组和片段组学模式可增强癌症生存率和复发分析

基于全基因组测序，研究团队开发了片段末端综合分析（FrEIA）评分，可使用低覆盖率全基因组测序（WGS）定量评估液体活检样本。

测序中国 - 癌症，cfDNA，液体活检 - 2024-02-06

eLife | 基于<font color="red">cfDNA</font>甲基化和<font color="red">片段</font><font color="red">组</font><font color="red">学</font>多模态分析，实现多癌种早检及定位

eLife | 基于cfDNA甲基化和片段组学多模态分析，实现多癌种早检及定位

研究团队开发了一种被称为“SPOT-MAS”的多模态方法，通过DNA甲基化及其大小检测肿瘤是否存在，全面分析cfDNA的甲基组学、片段组学、DNA拷贝数和末端基序，可从单一筛查中同时检测和定位癌症。

测序中国 - cfDNA甲基化 - 2023-08-13

Cancer Discov：基因<font color="red">组</font><font color="red">学</font>、<font color="red">片段</font><font color="red">组</font><font color="red">学</font>、甲基化<font color="red">组</font><font color="red">学</font>“三位一体”，多模态<font color="red">cfDNA</font>分析可高灵敏度识别早期癌症

Cancer Discov：基因组学、片段组学、甲基化组学“三位一体”，多模态cfDNA分析可高灵敏度识别早期癌症

该方法结合靶向Panel测序（TS）、低深度全基因组测序（sWGS）和游离甲基化DNA免疫共沉淀测序（cfMeDIP-seq），可在广泛的癌症谱中检测各种癌症相关的信号。

测序中国 - 细胞游离DNA，Li-Fraumeni Syndrome综合症，癌症谱，低深度全基因组测序 - 2023-11-22

Cell Reports Methods：深圳湾实验室孙坤课题<font color="red">组</font>揭示<font color="red">cfDNA</font><font color="red">片段</font>化<font color="red">组</font>学分析中的系统偏差

Cell Reports Methods：深圳湾实验室孙坤课题组揭示cfDNA片段化组学分析中的系统偏差

该研究揭示了以参考基因组为基础的传统cfDNA分析流程中人种差异等因素所导致的系统偏差，并开发了一款无需参考基因组、快速、准确的cfDNA片段化组学分析算法Freefly。

测序中国 - cfDNA，系统偏差 - 2024-06-14

PNAS：卢煜明团队最新成果：利用<font color="red">cfDNA</font><font color="red">片段</font><font color="red">组</font>学分析组蛋白修饰，为分子诊断工具开发开辟更多可能

PNAS：卢煜明团队最新成果：利用cfDNA片段组学分析组蛋白修饰，为分子诊断工具开发开辟更多可能

香港中文大学团队开发 FRAGHA 方法，利用 cfDNA 片段化模式推断组蛋白修饰信号，用于组织起源分析和癌症检测等，为无创分析提供基础。

测序中国 - cfDNA，癌症检测，组蛋白修饰，FRAGHA - 2024-10-15

全球首个胃癌<font color="red">片段</font><font color="red">组</font><font color="red">学</font>大型早筛研究登陆Genome Med

全球首个胃癌片段组学大型早筛研究登陆Genome Med

浙江省肿瘤医院程向东教授、苏丹教授、俞鹏飞教授团队联合宁波市第二医院陈平教授团队与世和基因合作，将世和MERCURY cfDNA片段组学技术的应用拓展至胃癌早筛，AUC达0.937。

测序中国 - 胃癌， cfDNA片段组学 - 2024-06-15

Nat Commun：利用<font color="red">cfDNA</font><font color="red">片段</font><font color="red">组</font>监测癌症治疗的新方法DELFI-TF，无需肿瘤先验遗传信息即可确定肿瘤负荷！

Nat Commun：利用cfDNA片段组监测癌症治疗的新方法DELFI-TF，无需肿瘤先验遗传信息即可确定肿瘤负荷！

研究团队报道了新开发的肿瘤和突变非依赖性方法--DELFI-TF，这是一种基于机器学习的方法，能够利用低覆盖率全基因组测序（WGS）在不需要肿瘤先验遗传信息的情况下非侵入性地确定肿瘤负荷。

测序中国 - 肿瘤负荷，cfDNA - 2024-11-08

PNAS：卢煜明/江培勇团队基于末端基序反卷积分析绘制<font color="red">cfDNA</font><font color="red">片段</font>化图谱

PNAS：卢煜明/江培勇团队基于末端基序反卷积分析绘制cfDNA片段化图谱

通过对cfDNA的短末端核苷酸序列进行数学分析，发现了六种不同类型的cfDNA片段模式，其中几种模式与核酸酶相关，如DFFB、DNASE1和DNASE1L3。

测序中国 - 细胞游离DNA - 2023-05-18

Nat Commun：FinaleMe模型：基于血浆<font color="red">cfDNA</font><font color="red">片段</font>化模式预测DNA甲基化水平和起源组织状态

Nat Commun：FinaleMe模型：基于血浆cfDNA片段化模式预测DNA甲基化水平和起源组织状态

研究团队开发了一种名为FinaleMe的计算方法，可预测每个cfDNA片段中每个CpG的DNA甲基化状态，并获得CpG位点的连续DNA甲基化水平；进一步从推断的甲基化模式中预测相关的起源组织状态。

测序中国 - cfDNA，DNA甲基化 - 2024-04-29

JCLA：如何尽量减少来自基因<font color="red">组</font>DNA的<font color="red">cfDNA</font>污染？

JCLA：如何尽量减少来自基因组DNA的cfDNA污染？

众所周知，靶cfDNA在全血浆中的比例较低。由于操作不当导致的血细胞裂解所产生的丰富的gDNA背景已成为准确测定cfDNA的主要障碍。在本研究中，我们研究了三种血细胞收集管(BCTs)在预防白细胞破裂引起的基因组DNA污染方面的能力，并结合高灵敏度突变检测技术对其性能进行了评估。

网络 - 检测，基因组DNA - 2019-06-06

笔记收藏：影像<font color="red">组</font><font color="red">学</font>/放射<font color="red">组</font><font color="red">学</font>

笔记收藏：影像组学/放射组学

近期在不同的学术会议上，有幸聆听学习了几位影像组学的大咖做报告，受益匪浅。以大咖们的报告为指导，自己也学习查找了一些文献，加入了一点点自己的理解和想法，整理成一篇笔记，与大家分享。名词解释：影像组学（Radiomics) “影像组学”，一共4个字，每个字都是常见字啊。但4个字放一起啥意思？好吧，我们把它们拆成“影像”和“组学”两个词来说。这里的“影像”通常指的就是放

MedSci原创 - 影像组学，放射组学 - 2018-07-25