期刊阅读
Nature Methods：新算法利用空间转录组数据构建肿瘤的“空间进化图谱”
癌症进展受多种因素驱动，研究推出 “CalicoST” 算法，可从空间转录组学数据推断相关 CNAs 并重建肿瘤进化轨迹，经验证优势明显，可为肿瘤研究提供助力。
Nature Methods：肿瘤微环境精准解析的新途径：CyLinter在多重成像中的应用
本文介绍 CyLinter 质控工具用于高度多重组织成像，去除伪影提高单细胞分析质量，应用于多个数据集效果显著，为肿瘤研究提供技术支持。
Nature Methods：揭示糖基化奥秘：GlycoShape工具助力精准糖蛋白结构恢复与疾病研究
GlycoShape 是糖链结构数据库和工具箱，能恢复糖蛋白结构，通过算法连接糖链与蛋白质，在生命科学研究中有广泛应用前景。
Nat Methods：链接基因变异与蛋白质序列和结构的强大生信工具：G2P
本研究开发 Genomics 2 Proteins 平台，连接基因组与蛋白质组，将遗传变异映射到蛋白质结构，为分析变异与疾病关系提供工具。
Nature Methods：精准基因比对新突破：Genes2Genes框架助力单细胞轨迹分析
通过对T细胞发育、IPF等模型的成功应用，G2G为细胞轨迹比对提供了强有力的工具，并展示了其在疾病机制研究、药物靶点筛选等方面的广泛应用潜力 。
Nature Methods：WHaloCaMP：突破性模块化钙离子指示器助力多重体内功能成像
开发 WHaloCaMP 钙离子指示器，结合化学遗传标记与猝灭机制，具高亮度、适合深层组织成像与多重信号监测，在多种动物模型中成功应用，为功能成像提供新工具。
Nature Methods：基因变异与蛋白质功能的动态链接：G2P平台推动临床应用与药物开发的精准化
G2P平台通过精确的基因-蛋白质映射工具，为结构生物学和基因组学的结合提供了极大的便利。
Nature Methods：从胚胎发育到疾病解析：FlowSig引领细胞间信号流动研究新方向
介绍 FlowSig 方法从单细胞和空间转录组数据推断细胞间通信流，通过多应用验证其性能及潜力，为理解生物过程提供新工具。
Nature Methods：突破传统方法：DeepPBS模型助力蛋白质-DNA相互作用研究
该研究展示了DeepPBS如何与结构预测方法结合使用，以预测没有实验结构的蛋白质的特异性。通过优化结合DNA的DeepPBS反馈，可以改进蛋白质-DNA 复合物的设计。
Nature Methods：CaST技术革新：非侵入性标记细胞活动的里程碑
研究报道新型酶催化方法CaST，可在体内快速生化标记Ca2+浓度升高细胞，经多实验验证，在体外、神经元及动物模型中有效，应用前景广阔。
Nat Methods：基于测序的11种空间转录组学方法的系统比较
研究团队选择了一系列具有明确定义的组织结构特征的组织作为参考，使用其生成数据比较了11种sST方法。
Nature Methods：革新癌症治疗：EpiChem技术揭示药物与染色质结合的单细胞层面机制
介绍了一种新方法EpiChem，这是一种原位单细胞联合绘图技术，能够同时测量小分子药物与染色质的结合以及多模态的表观基因组特征。
Nature Methods：解码基因调控新机制：系统性发现人类转录组中的RNA结构开关
研究开发 SwitchSeeker 方法用于鉴定人类转录组中的 RNA 结构开关，在 RORC 转录本中验证，扩展对基因调控中 RNA 开关的理解，为未来研究奠定基础。
Nat Methods：何爱彬/舒绍坤团队开发同时检测药物基因组靶点与表观基因组的单细胞方法scEpiChem
研究报道了一种称为“scEpiChem”的单细胞药物多组学技术，用于同时检测单细胞小分子药物-靶标结合及多模态表观基因组图谱，揭示药物反应和功能异质性。
Nature Methods：突破蛋白质功能研究瓶颈：ORFtag高效标记与筛查技术
通过这种创新技术，研究人员可以在大规模上进行蛋白质功能的高通量筛查，从而更全面地理解蛋白质在细胞生物学中的重要作用。
Nat Methods：1亿个参数，2万个基因！张学工/马剑竹/宋乐开发单细胞转录组学大规模预训练模型
研究团队报道了一个大型的预训练模型scFoundation，其具有1亿个参数，覆盖约20,000个基因，在超过5,000万个人类单细胞转录组谱上进行了预训练。
Nature Methods：通过高分辨率MRI探索灵长类脑连接：迈向认知科学的新里程碑
该研究通过高分辨率dMRI和优化的纤维重建方法，提供了详细的黑猩猩大脑白质纤维结构数据。
Nature Methods：GPT-4在单细胞分析中的突破：高效的细胞类型识别
研究人员展示了GPT-4在利用标记基因(marker gene)信息进行细胞类型标注方面的准确性和效率。
Nature Methods：从模型到治疗：类器官在癌症研究中的革命性作用
通过光遗传学方法，可以空间和时间控制地激活致癌驱动突变，这些方法结合生物工程支架，为癌症早期阶段的模型提供了前景。
Nature Methods：多中心协作揭示：非编码CRISPRi筛选的力量与潜能
ENCODE项目的多中心综合分析揭示了非编码CRISPRi筛选的潜力，为未来CRISPRi筛选设计和分析提供了实验指南，加速了非编码基因组功能特性的研究。
