刘善虑团队：目前主流新冠毒株横扫欧美，关键是这个因素；Topol博士：一个更凶险的毒株，正在从德国蔓延

摘要：

本次推送内容包括：

1）报告美国刘善虑教授团队的最新研究：目前欧美主流毒株的突变特点，及人群对其中和活性的急剧降低；

2）Eric Topol博客警告：要警惕正在从德国蔓延开来的新冠XEC突变株。

一，JN.1子代成为新毒王

刚刚过去的暑假，美国再次出现流行性极广的新冠感染；很多朋友再次感染。

新冠病毒极强的突变能力及由此产生的免疫逃逸，继续拨动着医学生物学家们的神经，也让我们普通人不得不关注：新冠病毒及其引发的COVID-19，到底怎么样了？

我们先来看一组数据：美国废水中新冠病毒浓度。

这是反映新冠病毒感染情况的客观指标。

可以看到，2024年夏季废水中新冠病毒浓度，是新冠流行以来出现的五个高峰之一。

废水中新冠病毒浓度很高，意味着新冠病毒感染率很高。

为什么2024年暑假，新冠病毒感染率这么高？

是因为KP.1及其子代出现了全新的突变。2024年8月31日，美国CDC更新的数据显示，新一代新冠毒株KP.3.1.1的占比达42.2%，成为最新的毒王；同时，KP.2.3占比为14.6%，KP.3占比降低到了14.2%，LB.1占比13.5%。

仅前四个毒株，就占到了检出毒株的87.6%！

（美国新冠病毒最新流行毒株。图源：美国CDC）

从进化看，KP.2和KP.3都是JN.1后代、后者来自于BA.2.82（区别于上一个大流行的XBB毒株）；是Omicron毒株的后代。从抗原性来说，KP.3.1.1距离Omicron的距离、已经超过Omicron距离原始毒株的距离。

这解释了为什么疫苗或者我们既往感染已经不能再预防新冠感染【2】。

JN.1子代到底出现了哪个关键的突变，导致了其免疫逃逸？

美国刘善虑团队于2024年9月4日在线发表在bioRxiv预印版的研究论文，给出了答案【3】。

本研究主要关注JN.1突变株及其子代亚型，如LB.1、KP.2.3、KP.3和KP.3.1.1，旨在评估这些变种对中和抗体（nAb）的逃逸能力、感染性、融合能力和稳定性。

研究发现：

A，抗体逃逸与感染性： 

研究表明，JN.1子代在中和抗体的逃逸方面表现出极高的效率，尤其能够逃逸XBB.1.5毒株为抗原的疫苗接种诱导的中和活性。

这些变种主要通过一个位于刺突蛋白N端域（NTD）的单一丝氨酸缺失（DelS31）突变，增强了病毒对中和抗体的抵抗力。

B，病毒稳定性增强： 

DelS31突变还提高了病毒的结构稳定性，使得病毒能在较高温度下保持感染活性。此外，该突变还降低了病毒通过刺突蛋白介导的细胞-细胞融合活性。

刘善虑教授特别强调：

新冠病毒S蛋白 NTD 上DelS31 突变引起在lKP.3.1.1，KP.2.3和LB.1在过去几周很快横扫美欧的原因。一个single mutation， 尤其在NTD能引起超过9倍的中和抗体下降超过9倍，非常少见。

除了免疫逃避，病毒spike构象稳定性增加和耐温也很重要，尤其是其能够在夏季流行的重要因素。

这项研究强调了更新COVID-19疫苗的必要性，建议加入包含DelS31突变的抗原，以更有效地应对新出现的变种。

二，警惕XEC突变株

当JN.1子代肆虐的同时，Eric Topol博士也在推特中对另一个更新的突变株XEC发出警告【4】；该毒株首先在德国被鉴别出来，并呈现快速增长的特征。

XEC是新冠病毒KS.1.1和KP.3.3两个突变株再重组而形成的新毒株【5】；与KP.3.3.1不同，XEC没有S31的缺失，而是多了T22N和F59S两个新突变【6】。

目前尚无太多XEC在全球流行的报告。也许本周五美国CDC的报告会给出一些XEC流行的线索：即XEC是否比KP.3.3.1有更强的流行趋势。

因为这影响着今年秋冬季的疫苗接种选择。

如果XEC无法替代KP.3.3.1及其子代，则为了应对今年秋冬季的流行毒株KP.3.3.1及其子代，优先选择辉瑞-BioNTech或Moderna的基于KP.2的mRNA疫苗；

如果XEC成为主流毒株，则不需要关注有S31缺失抗原的疫苗，Novavax的基于JN.1的蛋白疫苗会更受青睐。

如果今年暑假感染过了（大概率是KP.2及以后毒株），则选择Novavax蛋白疫苗也许是不错的选择，这也是大部分关注新冠疫苗学者的推荐【7】。

我们会继续保持关注，提供最新的新冠相关科学报告和数据。

也祝您和家人都健健康康！

参考文献

【1】 https://www.cdc.gov/nwss/rv/COVID19-nationaltrend.html

【2】 https://erictopol.substack.com/p/the-indomitable-covid-virus

【3】 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.04.611219v1

【4】 https://x.com/EricTopol/status/1829905374583181806

【5】 https://public.tableau.com/app/profile/raj.rajnarayanan/viz/TrackingSARSCoV2LineageXEC-Globally/XEC

【6】 https://twitter.com/LongDesertTrain/status/1830250139983794306

【7】 https://yourlocalepidemiologist.substack.com/p/a-dose-this-weeks-public-health-explained