Science:空间组学技术概览与展望
该综述系统地介绍了空间组学技术的丰富种类,阐明了其原理、优势和局限性,并就这一领域目前面临的挑战提供了观点和建议。
测序中国 - 空间组学 - 2023-08-26
Nat Biotechnol发表新空间组学方法,同步实现转录组和代谢组的空间多模态精确分析
研究团队证明了在单个组织切片中结合SRT和MALDI-MSI并保留两种模式的特异性和敏感性的可能性,并在多巴胺和帕金森病条件下的小鼠和人类大脑样本中证明了该方法的潜力。
测序中国 - 空间多模态精确分析 - 2023-10-03
Nucleic Acids Res:空间转录组学数据挖掘新算法——DeepST
研究团队研发了基于深度学习的空间域识别技术(DeepST)。DeepST使用预先训练好的深度神经网络模型从组织形态学信息(H&E染色图片)中提取图像特征,然后将提取的特征与基因表达和空间位置数据集成,
测序中国 - 数据挖掘,算法,空间转录组学 - 2022-10-24
Nature Genetics:BANKSY:革命性算法,重塑空间组学数据分析
该算法作为一种创新的空间组学数据分析工具,其主要功能是将空间组学数据中的细胞根据类型和组织域进行有效分类。
生物探索 - 空间组学,BANKSY - 2024-03-04
空间转录组学方法EEL FISH:可实现高复用、高空间通量和高分辨的原位单细胞分析
大脑是一个高度结构化的器官,包含多种细胞类型,具有复杂的空间模式组织。目前研究分析这些不同细胞类型之间的组织和空间关系仍具有挑战性。
测序中国 - 空间转录组学方法,高空间通量,高分辨的原位单细胞分析 - 2022-11-13
Science:利用空间转录组学技术可视化观察组织中的基因表达
在一项新的研究中,来自瑞典卡罗琳斯卡研究所和皇家理工学院等机构的研究人员开发出一种新的被称作空间转录组学(spatial transcriptomics)的高分辨率方法研究一种组织中哪些基因是有活性的
生物谷 Bioon.co - 转化医学,转录,RNA - 2016-07-04
Nature:空间转录组学开辟记忆编码新视角:长期恐惧记忆的分子地图
研究员通过高分辨率的空间和单细胞转录组学分析,研究者能够在分子和细胞层面上阐明BLA在长期记忆中的作用。
生物探索 - 长期记忆,BLA,空间转录组学 - 2024-02-13
笔记收藏:影像组学/放射组学
近期在不同的学术会议上,有幸聆听学习了几位影像组学的大咖做报告,受益匪浅。以大咖们的报告为指导,自己也学习查找了一些文献,加入了一点点自己的理解和想法,整理成一篇笔记,与大家分享。名词解释:影像组学(Radiomics) “影像组学”,一共4个字,每个字都是常见字啊。但4个字放一起啥意思?好吧,我们把它们拆成“影像”和“组学”两个词来说。这里的“影像”通常指的就是放
MedSci原创 - 影像组学,放射组学 - 2018-07-25
Nature Biotechnology:深度视觉蛋白质组学:对单个癌细胞空间表征,发现癌症治疗新靶点
尽管基于成像和基于质谱的空间蛋白质组学方法取得了许多进展,但将成像与单细胞分辨率蛋白质丰度测量联系起来仍然是一个挑战。
“生物世界”公众号 - 癌细胞,蛋白质组学 - 2022-05-26
空间转录组学新方法FISHnCHIPs可准确映射细胞类型
研究团队提出了一种灵敏、稳健、可扩展的空间转录组学方法“FISHnCHIPs”,可对细胞类型和基因表达程序进行原位分析。
测序中国 - 空间转录组学,FISHnCHIPs - 2024-04-15
科研链接市场 基因学应用大健康空间无限
现代基因科学研究表明,癌症是基因突变积累到一定程度后细胞无限制增殖的结果。其他遗传疾病的背后也都有基因突变的影子:学术界知名的OMIM数据库收录了3000多人类疾病及相关的15000个基因位点。
基因空间 - 科研,市场,基因,健康 - 2018-01-21
Genome Biol综述 | 多模态和单细胞/亚细胞水平空间组学技术的现状及发展前景
空间组学领域在过去几年蓬勃发展,并从根本上提高了原位实验的广度和分辨率。这些技术现在可以在50-100nm的空间分辨率下检测超过10,000个独特的基因靶点。
测序中国 - 多模态和单细胞,亚细胞水平空间组学技术,空间组学实验 - 2022-12-29
Nat Commun:单细胞空间代谢组学分析框架scSpaMet,可对同一组织进行空间分辨蛋白质和代谢物分析
文章提出了单细胞空间分辨代谢框架“scSpaMet”,通过将非靶向空间代谢组学和靶向多重蛋白质成像整合到单一管道中,在单细胞水平上分析人体组织中的免疫细胞和癌症细胞。
测序中国 - 单细胞,空间代谢组学,scSpaMet - 2024-02-03
Nature子刊:李婧翌团队开发用于单细胞多组学和空间组学的数据模拟和统计推断的多功能模拟器scDesign3
该研究开发了一款名为 scDesign3 的多功能模拟器,用于单细胞多组学和空间组学的数据模拟和统计推断。
生物世界 - scDesign3,多功能模拟器 - 2023-05-14
NBT:上海交通大学杨朝勇/吴玲玲/宋佳/郑军华开发新的方法,实现高灵敏空间转录组学测序
该研究报道了一种用于空间RNA测序(Decoder-seq)的树状细胞DNA坐标条形码设计,该设计具有高灵敏度和高分辨率。
iNature - 测序,空间转录组学 - 2024-01-18
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