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Science：利用<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学<font color="red">技术</font>可视化观察组织中的基因表达

Science：利用空间转录组学技术可视化观察组织中的基因表达

在一项新的研究中，来自瑞典卡罗琳斯卡研究所和皇家理工学院等机构的研究人员开发出一种新的被称作空间转录组学（spatial transcriptomics）的高分辨率方法研究一种组织中哪些基因是有活性的

生物谷 Bioon.co - 转化医学，转录，RNA - 2016-07-04

Nat Biotechnol发表新<font color="red">空间</font><font color="red">组</font>学方法，同步实现<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>和代谢<font color="red">组</font>的<font color="red">空间</font>多模态精确分析

Nat Biotechnol发表新空间组学方法，同步实现转录组和代谢组的空间多模态精确分析

研究团队证明了在单个组织切片中结合SRT和MALDI-MSI并保留两种模式的特异性和敏感性的可能性，并在多巴胺和帕金森病条件下的小鼠和人类大脑样本中证明了该方法的潜力。

测序中国 - 空间多模态精确分析 - 2023-10-03

Nature Methods：新算法利用<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>数据构建肿瘤的“<font color="red">空间</font>进化图谱”

Nature Methods：新算法利用空间转录组数据构建肿瘤的“空间进化图谱”

癌症进展受多种因素驱动，研究推出 “CalicoST” 算法，可从空间转录组学数据推断相关 CNAs 并重建肿瘤进化轨迹，经验证优势明显，可为肿瘤研究提供助力。

测序中国 - 肿瘤，空间转录组学 - 2024-11-17

Science：<font color="red">空间</font><font color="red">组</font>学<font color="red">技术</font>概览与展望

Science：空间组学技术概览与展望

该综述系统地介绍了空间组学技术的丰富种类，阐明了其原理、优势和局限性，并就这一领域目前面临的挑战提供了观点和建议。

测序中国 - 空间组学 - 2023-08-26

Nucleic Acids Res：<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学数据挖掘新算法——DeepST

Nucleic Acids Res：空间转录组学数据挖掘新算法——DeepST

研究团队研发了基于深度学习的空间域识别技术（DeepST）。DeepST使用预先训练好的深度神经网络模型从组织形态学信息（H&E染色图片）中提取图像特征，然后将提取的特征与基因表达和空间位置数据集成，

测序中国 - 数据挖掘，算法，空间转录组学 - 2022-10-24

Nat Commun：<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学和单细胞多组学整合分析构建人类胸腺细胞发育<font color="red">空间</font>图谱

Nat Commun：空间转录组学和单细胞多组学整合分析构建人类胸腺细胞发育空间图谱

研究团队开发了TSO-his（组织结构的转录组学分割）工具，用于整合单细胞和空间转录组学的多模态数据，并破译人类胸腺的复杂结构。

测序中国 - 胸腺，空间转录组学，空间图谱 - 2024-10-14

Nat Methods：基于测序的11种<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学方法的系统比较

Nat Methods：基于测序的11种空间转录组学方法的系统比较

研究团队选择了一系列具有明确定义的组织结构特征的组织作为参考，使用其生成数据比较了11种sST方法。

测序中国 - 单细胞转录组测序，空间转录组技术 - 2024-08-03

<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学方法EEL FISH：可实现高复用、高<font color="red">空间</font>通量和高分辨的原位单细胞分析

空间转录组学方法EEL FISH：可实现高复用、高空间通量和高分辨的原位单细胞分析

大脑是一个高度结构化的器官，包含多种细胞类型，具有复杂的空间模式组织。目前研究分析这些不同细胞类型之间的组织和空间关系仍具有挑战性。

测序中国 - 空间转录组学方法，高空间通量，高分辨的原位单细胞分析 - 2022-11-13

Nature Genetics：高通量<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font><font color="red">技术</font>推动器官发生研究：MAGIC-seq为临床多组学研究提供新工具

Nature Genetics：高通量空间转录组技术推动器官发生研究：MAGIC-seq为临床多组学研究提供新工具

介绍创新的空间转录组技术 MAGIC-seq，其结合多种技术提升标记效率，在多方面表现优势，可构建 3D 图谱，应用前景广泛。

生物探索 - 空间转录组学，MAGIC-seq，微流体技术 - 2024-09-12

Nat Neurosci：张毅等利用<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font><font color="red">技术</font>绘制小鼠前额叶皮层全新细胞图谱，并解析疼痛相关细胞

Nat Neurosci：张毅等利用空间转录组技术绘制小鼠前额叶皮层全新细胞图谱，并解析疼痛相关细胞

使用MERFISH (multiplexed error-robust FISH) 空间转录组技术【3】构建了小鼠前额叶皮层和其附近皮层的细胞图谱，系统的研究了不同神经细胞亚型的分布特征和分子组成，并

brainnew神内神外 - 疼痛，前额叶皮层，张毅，空间转录组技术 - 2023-11-04

Nature：<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学开辟记忆编码新视角：长期恐惧记忆的分子地图

Nature：空间转录组学开辟记忆编码新视角：长期恐惧记忆的分子地图

研究员通过高分辨率的空间和单细胞转录组学分析，研究者能够在分子和细胞层面上阐明BLA在长期记忆中的作用。

生物探索 - 长期记忆，BLA，空间转录组学 - 2024-02-13

ATVB：了解冠状动脉粥样硬化斑块稳定性的<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学方法

ATVB：了解冠状动脉粥样硬化斑块稳定性的空间转录组学方法

本研究不仅推动了我们对冠状动脉粥样硬化斑块稳定性机制的认识，还为未来开发针对性治疗提供了有力支持。通过更好地理解这些复杂的生物学过程，我们将能够制定更为有效的策略，以应对冠心病这一全球性健康挑战。

MedSci原创 - 冠状动脉粥样硬化性心脏病 - 2024-09-10

Nat Commun：基于单细胞和<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学分析构建NSCLC免疫和非免疫区图谱

Nat Commun：基于单细胞和空间转录组学分析构建NSCLC免疫和非免疫区图谱

研究团队将来自25名未接受治疗LUAD或LUSC患者的近90万个细胞的scRNAseq数据和其中8名患者的空间转录组学数据结合起来，系统研究了肿瘤和邻近非肿瘤组织中细胞组织的差异。

测序中国 - NSCLC，肺癌，空间转录组学 - 2024-06-18

SPATA：基因集驱动的<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font>组分析框架

SPATA：基因集驱动的空间转录组分析框架

SPATA -

简书 - 生物信息学，空间转录组 - 2021-02-06

Science：开发出TT-Seq<font color="red">技术</font>绘制人类瞬时<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>图谱

Science：开发出TT-Seq技术绘制人类瞬时转录组图谱

基因之间的序列长期以来被视为“垃圾DNA”，我们如今知道它们也发挥着至关重要的功能。这些DNA区域发生的突变能够严重地对人类发育造成损害，而且可能在生命后期导致严重疾病。然而，在此之前，调节性DNA序列一直很难发现。如今，在一项新的研究中，德国慕尼黑理工大学计算生物学教授Julien Gagneur团队和德国马克斯普朗克生物物理化学研究所教授Patrick Cramer团队如今开发出一种方法可

生物谷 - TT-Seq技术，人类瞬时转录 - 2016-06-04

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