Nat Neurosci:张毅等利用空间转录组技术绘制小鼠前额叶皮层全新细胞图谱,并解析疼痛相关细胞
使用MERFISH (multiplexed error-robust FISH) 空间转录组技术【3】构建了小鼠前额叶皮层和其附近皮层的细胞图谱,系统的研究了不同神经细胞亚型的分布特征和分子组成,并
brainnew神内神外 - 疼痛,前额叶皮层,张毅,空间转录组技术 - 2023-11-04
Nat Biotechnol:单细胞和空间转录组的高分辨率比对方法CytoSPACE,可重建复杂组织
CytoSPACE是一个通过全局优化来分析单细胞和空间转录组的工具。与其他方法不同,CytoSPACE确保全局最优的单细胞比对。
测序中国 - 空间转录组,CytoSPACE - 2023-03-29
Nat Commun:图谱级单细胞数据高效整合算法“scMerge2”,实现跨样本、跨条件分析
研究团队推出了一种名为scMerge2的可扩展算法,能够对图谱规模多样本、多条件单细胞研究进行数据整合,以帮助人们了解不同条件下细胞的生物学特性。
测序中国 - 单细胞数据,scMerge2 - 2023-08-15
Nat Med:张泽民研究组与合作者发表单细胞水平的肺癌 T 淋巴细胞免疫图谱
肺癌被称为“癌中之王”,其发病率和致死率在所有癌症中均居首位,其中 85% 的肺癌属于非小细胞肺癌。考虑到肿瘤微环境的复杂性,近年来单细胞转录组测序技术逐渐被广泛应用于肿瘤浸润免疫细胞的研究当中。
生物360 - 非小细胞肺癌,基因诊断l,图谱 - 2018-06-27
PNAS发表全面的小鼠耳蜗单细胞转录组图谱,为遗传性耳聋靶向治疗提供参考
通过将单细胞、单核RNA测序(scRNAseq和snRNAseq)与广泛的RNA原位杂交检测(RNA scope)相结合,表征了几乎所有耳蜗细胞类型的转录组学特征。
测序中国 - 遗传性耳聋 - 2023-07-11
首次在单细胞水平描绘肝癌微环境中的免疫图谱
2017年6月16日,北京大学生命科学学院BIOPIC中心、北京未来基因诊断高精尖创新中心、北大-清华生命科学联合中心张泽民研究组,首都医科大学附属北京世纪坛医院暨北京大学第九临床医学院肝胆胰外科彭吉润研究组,以及美国AMGEN公司的欧阳文军研究组在Cell杂志发表了题为“Landscape of infiltrating T cells in liver cancer revealed by s
生物探索 - 肝癌,免疫 - 2017-06-17
Nat Neurosci综述:脊髓损伤后的脊髓环路重建策略——单细胞分辨率建立多组学图谱
SCI 的治愈方法是不可预见的,但我们已经可以预测,目前的策略无法完成这一长期任务
brainnew神内神外 - 脊髓损伤后的脊髓环路重建策略,单细胞分辨率建立多组学 - 2022-12-03
Cell Reports︱汤富酬研究组与合作者绘制人类肾脏发育单细胞转录组图谱
然而由于小鼠和人类物种间差异的存在,长期以来对于人类胚胎期肾脏发育过程始终没有得到很好的说明,特别是关于肾脏发育过程中一些重要细胞类型的起源及其功能、以及参与完整肾单位发育成熟的分子调控机制等方面都亟待进
细胞 - 绘制,人类,肾脏,发育单细胞,转录组图谱 - 2018-09-28
Nature子刊 | 范骁辉/陈华钧/高月团队开发空间解卷积算法Bulk2Space,将Bulk转录组重构至单细胞空间分辨率
Bulk2Space具有很好的生物学和临床应用前景,包括揭示细胞的空间特异性变异,发现新基因的空间表达模式,实现更精细的细胞聚类,预测分子疾病进展的潜在机制等。
测序中国 - Bulk2Space,Bulk转录组,单细胞空间分辨率 - 2022-11-26
NATURE:心脏发生的单细胞分析揭示了器官水平发育缺陷的基础
器官发生涉及多种细胞类型的整合。细胞类型特异性基因网络的失调导致出生缺陷,其影响5%的活产。先天性心脏缺陷是最常见的畸形。
MedSci原创 - 心脏发育 - 2019-07-27
Nature子刊:范骁辉/陈华钧/高月团队开发空间解卷积算法Bulk2Space,将Bulk转录组重构至单细胞空间分辨率
与RCTD、SpatialDWLS、stereoscope和SPOTlight等传统空间解卷积算法不同,Bulk2Space可以基于批量RNA-seq生成空间分辨的单细胞转录组学数据。
测序中国 - 单细胞,空间分辨率 - 2022-11-24
Genome Biol:李薛鑫团队及合作者创建人类单细胞多组学图谱及网络平台SCA
该图谱资源和数据库查询旨在为各种组学研究提供一站式、全面且高效的资源,帮助人们更深入地理解不同人类组织的复杂性。
测序中国 - SCA,单细胞多组学图谱 - 2024-05-10
Cancer Cell:儿童急髓白血病从确诊到复发的纵向单细胞多组学图谱公布
本研究从细胞层面增加了人们对pAML复发的机制的理解,但受限于样本量较小,以及活检部位不同等混杂因素。
儿童肿瘤前沿 - 儿童急髓白血病,单细胞多组学图谱 - 2023-12-12
Nature | 单细胞分辨率绘制食蟹猴胚胎综合转录组图谱,揭示原肠胚形成和早期器官发生
该研究揭示了主要的泌乳周细胞类型的转录组特征,有助于阐明灵长类动物的形态发生事件。
测序中国 - 转录组图谱,单细胞分辨率,胚胎综合 - 2023-01-05
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