Sci Transl Med：提高ctDNA测序敏感性的分析方法！
2020-06-22 QQY MedSci原创
对ctDNA的分析提供了一种非侵入性的方法来检测癌症并监测对治疗的反应。与常规活检相比，样品更容易获得，并且可能更能代表特定肿瘤中发现的各种突变。但ctDNA分析的灵敏度受ctDNA量和检测方法的限制
循环肿瘤来源的DNA（ctDNA）可用于无创监测癌症动态。ctDNA检测对于血浆量很少或源自肿瘤的DNA片段很少的小体积或残留病灶患者可能具有一定的挑战性。
Wan等人发现，通过分析数百至数千个首先由肿瘤基因分型而确定的突变可以提高血浆ctDNA检测的敏感性。
在文章中，研究人概述了VAriant Reads（INVAR）管道的集成（INtegration），该管道结合了基于ctDNA生物学特征的自定义错误抑制方法和信号富集方法。通过这种方法，可以基于跨多个特定患者的基因座测序的信息性读数的数量，独立估算每个样品中的检测限。
研究人员将INVAR应用于来自105例早期和晚期的黑色素瘤、肺癌、肾癌、神经胶质瘤和乳腺癌患者的176份血浆样本的定制混合捕获测序数据。通过整合中位数大于105个读数的信号，常规将ctDNA定量化为每100，000个分子中有1个突变，在某些情况下(如具有较高肿瘤突变负荷和/或血浆混入物)，定量化为百万分之几。
该方法导致晚期癌症的曲线下面积（AUC）值为0.98，而早期和具有挑战性的ctDNA检测设置值为0.80。研究人员将这种方法推广到全外显子测序和全基因组测序，发现只要肿瘤突变列表可用，就可以在不需要个性化测序panel的情况下应用INVAR。
随着肿瘤测序越来越多，这种用于个性化癌症监测的方法可以增强癌症液体活检的敏感性。
原始出处：
Jonathan C. M. Wan，et al. ctDNA monitoring using patient-specific sequencing and integration of variant reads. Science Translational Medicine. Science Translational Medicine 17 Jun 2020：Vol. 12， Issue 548， eaaz8084 DOI： 10.1126/scitranslmed.aaz8084
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